La valutazione d'incidenza è il procedimento di carattere preventivo al quale è necessario sottoporre qualsiasi piano o progetto che possa avere incidenze significative sull'integrità e sulla conservazione degli habitat e delle specie di un sito o proposto sito della rete Natura 2000.
La valutazione d'incidenza si applica sia agli interventi che ricadono all'interno delle aree Natura 2000 (SIC, ZPS e siti proposti per diventarlo), sia a quelli che pur sviluppandosi all'esterno, possono comportare ripercussioni sullo stato di conservazione dei valori naturali tutelati nel sito.
In ambito nazionale, la valutazione d'incidenza viene disciplinata dall'art. 6 del D.P.R. del 12 marzo 2003, n. 120, mentre a livello regionale è stata regolamentata con la Deliberazione di Giunta Regionale del 8 agosto 2003, n. VII/14106 e successive modifiche e integrazioni.
Ai fini della valutazione di incidenza, i proponenti di piani e interventi non finalizzati unicamente alla conservazione di specie e habitat di un sito Natura 2000, presentano uno studio di incidenza volto ad individuare e valutare i principali effetti che il piano o l'intervento può avere sul sito interessato. Per interventi di limitata entità, è prevista la possibilità di esclusione dalla procedura di valutazione di incidenza o l'applicazione di procedure semplificate, che non richiedono la stesura di uno specifico studio di incidenza.